Hòn Đảo Huyền Bí - Journey 2: The Mysterious Island xoay quanh câu chuyện về anh chàng Sean bỗng nhiên nhận được một tin nhắn cầu cứu được giải mã và truyền đến từ một hòn đảo bí ẩn, nằm tại nơi mà không hề có hòn đảo nào tồn tại được ghi lại trên bản đồ thế giới, nơi đây có các sinh vật kỳ lạ, ngọn núi lửa kinh hoàng và một núi vàng. Vì sự tò mò, của mình mà Sean đã bất chấp sự ngăn cản của người cha mình bắt đầu cuộc hành tình, và người cha của anh cũng tham gia và cô con gái cùng với anh chàng phi công. Bọn họ cùng nhau tìm hiểu hòn đảo và giải cứu dân tộc trên đảo trước khi một trận động đất và núi lửa phun trào nhấn chìm cả hòn đảo.
