Naruto: Sức Mạnh Vĩ Thú - Naruto Shippuuden tiếp tục câu chuyện ở phần trước, khi lúc này đây Naruto đã đi theo thầy Jiraiya tập luyện về các nhẫn thuật mới cũng như đạt được tham vọng trở thành ninja mạnh nhất. Không những thế Naruto còn học được cách kiểm soát Chakra của cửu vĩ. Sau 2 năm tập luyện, các ninja cũng trở nên mạnh mẽ hơn, nhưng bọn họ lại phải đối mặt với tổ chức Akatsuki một tổ chức trong bóng tối với các thành viên sở hữu năng lực mạnh mẽ. Khi làng lá bị tấn công tàn phá, Naruto đã xuất hiện kịp thời để tiêu diệt tổ chức Akatsuki cũng như đánh bại Pain trả thù cho thầy Jiraiya của mình.