Mortal Kombat Legends: Battle of the Realms mở đầu là sự báo thù của Scorpion, những siêu anh hùng bị tấn công bất ngờ bởi Shao Kahn. Do đó, Raiden và nhóm chiến bình của mình phải đưa ra quyết định thỏa thuận chiến đấu trong một Mortal Kombat cuối cùng và điều này cũng có có thể quyết định số phận của những vương quốc. Và những người khác phải đi đến Outworld để bảo vệ Eathealm, lúc này Scorpion bắt đầu cuộc hành trình tìm kiếm Kamidogu trước khi nó rơi vào tay của những tên xấu xa để hủy diệt cả vũ trụ.
